A Misericórdia de Lisboa, que foi fundada em 1498, originou um movimento de expansão destas confrarias por todo o país e além fronteiras, tendo também, chegado ao então pequeno concelho de Amarante. A Misericórdia de Amarante, tal como outras surgidas nesta época, tem como objectivos os preconizados pela Confraria Mãe.
Podemos afirmar que, desde os inícios do século XVI, funcionava a Misericórdia em Amarante. Para o comprovar, há dois documentos no ANTT, nos Livros da Chancelaria de D. João III. Tratam-se de duas cartas de privilégio atribuídas à Misericórdia de Amarante em 27 de Agosto de 1529. Numa dessas cartas era atribuída, como esmola, duas arrobas de açúcar a esta Misericórdia e, na outra carta, era dada autorização ao seu mamposteiro para pedir esmola em lugares comarcãos.
Depressa cresceu a nossa confraria. O seu património aumentou, permitindo-lhe cumprir as suas obras pias.
Através do seu testamento de 1578, Baltasar Vieira, natural de Guimarães, que comprara um padrão de juros ao rei D. João III em 1555, vai, com o rendimento deste, dar agasalho aos pobres do hospital da Misericórdia e fazer obras de aumento neste. Este hospital, sob a invocação de Santo Estêvão, situava-se na Rua da Ordem, importante artéria de passagem para Guimarães e para o Porto (actual Rua Carlos Amarante) e aí permaneceu até 1850, momento em que foi desactivado e passou para as instalações Lar Conselheiro António Cândido. Importante este facto pois permite-nos constatar que, desde os seus inícios, a Misericórdia de Amarante tinha como sua propriedade uma unidade de saúde para socorrer os pobres e desamparados
Para aperfeiçoar a sua rede de solidariedade social e como a gestão dos irmãos da Misericórdia era conceituada no meio, o âmbito da sua administração vai aumentar.
Em 1565, a administração da Gafaria e a Capela de Santo Estêvão que lhe estava anexa passa para a administração da Misericórdia. Ainda hoje, nas imediações onde se situava a Gafaria, se encontra a Capela de S.Lázaro, no lugar com o mesmo nome, que continua a ser propriedade da Misericórdia.
Em 1614, o hospital da albergaria do Covelo passa também a fazer parte do rol de bens que a Misericórdia vai administrar.
Tudo nos leva a pensar que a localização da Misericórdia fosse onde ainda hoje se encontra, embora a sua Igreja tenha tido alterações profundas no século XIX.
Nas Memórias Paroquiais de 1758, na descrição que é feita sobre o Seixedo e a Capela de Santa Luzia, diz o seguinte: “em pouca distancia está o pelourinho que antigamente esteve no Terreyro da Misericórdia e per requerimento os irmãos della fizeram a Camera se mudou para este sitio [Actual Largo de Santa Luzia] no ano de 1617”.
A análise dos livros de receitas e despesas e dos livros de legados que se encontram no arquivo desta instituição, permitem-nos afirmar que os provedores que ao longo dos tempos geriram esta casa pia concretizaram as práticas de solidariedade cristã, que presidiram à sua fundação: deram esmolas aos pobres, assistiram os doentes e enfermos nos hospitais de que eram proprietários ou administradores; fizeram enterros e trataram da liberdade de presos. O seu património artístico, apresentado nos actos litúrgicos públicos, sobretudo da Semana Santa, mostra por um lado a riqueza da instituição e a importância da mesma na realização desses actos na sociedade amarantina de então.
Desde o século XVI até hoje, a Misericórdia de Amarante é uma Instituição essencial e prestimosa na dignificação da condição humana.